1. Explorer
2. Expertmenter
3. KnowledgeFlow
4. Simple CLI
ทั้ง 4 ส่วนนี้ ส่วนที่คนใช้เยอะคือส่วนของ Explorer ครับ ซึ่งคือส่วนของ GUI ที่ให้ user ทำการวิเคราะห์ข้อมูลด้วยเทคนิคทางด้าน data mining ได้ง่ายๆ ผ่านการคลิกๆ เมาส์นะครับ โดยจาก Explorer นี้ Weka ก็สามารถไปดึงข้อมูลจากฐานข้อมูล MySQL มาได้โดยอาศัย class JDBC ของ MySQL ครับ
อีกส่วนหนึ่งที่สำคัญแต่ user ส่วนใหญ่ไม่ค่อยได้เคยใช้คือ Simple CLI ครับส่วนนี้จะเป็นการเรียกใช้เทคนิคการวิเคราะห์ข้อมูลต่างๆ ผ่านทาง command line อาทิ เช่น DOS ใน Windows หรือ shell ใน Linux เป็นต้นครับ